A KBVR. beruházás előkészítése során számos megalapozó tanulmány készült el. Ezeken túlmenően, párhuzamosan a beruházással, további kutatások is folytak. Ezek eredményét, ajánlásait a beruházási programban figyelembe vették. Az eltelt évek alatt jelentősen bővültek az ismeretanyagok, az általános hidrobiológiai és ökológiai ismeretek is. Az I. ütem 1984-ben megkezdett beüzemelése és végleges üzembehelyezése óta, valamint már részben azt megelőzően is, a kutatómunka a legfontosabb kémiai-, biológiai-, anyagforgalmi folyamatok feltárására, ill. a lejátszódó - és várható limnológiai -, ökológiai változások leírására, prognosztizálására irányult. Ezek mellett fontos a növénytérképezés, vagyis a növénytársulás szerkezeti változásainak nyomon követése, a tápanyag eltávolítás becslése (nádaratás területének felmérése). A II. ütem első 16 km²-es ÉNy-i részterületének elárasztásakor kezdődött meg a természetvédelmi biomonitoring hálózat kiépítése. Ennek célja, hogy az esetleg felmerülő problémákat azonnal jelezze, feltárja és próbáljon megoldást keresni. Jelenleg is több szakmai csoport, kutató dolgozik a Kis-Balaton területén. Feladatuk az építési munkák befejezése után is folytatódni fog, hogy a vízvédelmi rendszer hatását figyelemmel lehessen kísérni.