A szabályozási munkák következtében a Kis-Balaton és a környező berkek vízminőségvédő funkciója megszűnt. Ehhez járult a "civilizált" világ térhódítása - a vízgyűjtőn folyó intenzív mezőgazdasági kemizáció, a fokozódó urbanizáció, a Balaton-üdülőterület rohamos fejlődése és terjedése, az infrastruktúra hiányosságai-, ami együttesen a Balatonba jutó vizek minőségének jelentős romlását okozta. Ennek első látványos jele a Keszthelyi-öbölben 1966-ban megfigyelt vízvirágzás volt. A kutatási eredmények alapján bebizonyosodott, hogy a tápanyagok (foszfor, nitrogén, stb.) és az egyéb hordalékok nagy mennyisége felelős a víz algásodásáért, az eutrofizációért. A Balaton vízutánpótlásának 45 %-át a vízgyűjtő feléről a Zala folyó szállítja az összes terhelés kb. felét kitevő tápanyaggal, hordalékkal (10.000-15.000 t) együtt a Keszthelyi-öbölbe, mely a tó felületének mindössze 6,5 térfogatának 4,3 %-át teszi ki, ami az öböl sajátos áramlási viszonyai miatt nagyrészt ott is marad.
Ennek szem előtt tartásával készítette el a Nyugat-dunántúli Környezetvédelmi és Vízügyi Igazgatóság a Kis-Balaton Vízvédelmi Rendszer koncepciótervét, melynek alapgondolata az volt, hogy a hajdan öbölként, illetve mocsárként létezett Zala-völgy ismételt elárasztásával kialakuló mocsaras-nádas terület a Zalán érkező tápanyagokat feldolgozza.
A világon egyedülálló vízvédelmi rendszerrel az eddig a Balatonban - főleg a Keszthelyi-öbölben - lejátszódó folyamatokat a Balaton elé, a Zala alsó szakaszán kialakítandó vízvédelmi rendszer területére helyezzük át. Ez a megoldás a mintegy 200 évvel ezelőtti, természetes állapothoz hasonlító viszonyokat állít elő.